新藥開發研究所藉由專業知識之訓練，培育藥物研發人才，經由跨領域課程融合專業與產業實務應用，強化企業的需求面，期許能與各生技製藥廠共同培育畢業後可勝任研發、生產、智財或行銷管理之專業高階人才為主要目標。

以新藥開發及生物科技完整研究為導向，並配合生技製藥學院內所有教師與軟硬體設備，再加上本校附醫醫學中心和醫、藥、中醫學院之資源，結合製藥及生物科技技術，投入相關之研究，以造就人類之福祉與疾病治療之厚望。藉由專業知識之訓練，培育藥物研發人才，經由跨領域課程融合專業與產業實務應用，強化企業的需求面，期許能與各生技製藥廠共同培育畢業後可勝任研發、生產、智財或行銷管理之專業高階人才為主要目標。